В последние годы жизни лидер МММ был разведён. Он состоял в браке с Еленой Павлюченко из украинского города Запорожье. В 1989 году она стала «Вице-мисс», в 1992 – победительницей городского конкурса красоты, познакомилась с Сергеем, который презентовал ей модельное агентство. Молодые люди поженились.
Находясь в СИЗО, Сергей решил, что должен дать своей возлюбленной свободу. Он сам подал на развод и отказался от свиданий с супругой. В дальнейшем женщина проживала в Подмосковье и занималась воспитанием их общей дочери Ирины.
Известно, что Мавроди не спал по ночам, а отходил ко сну дважды в день – с 6 до 10 часов утра и в аналогичный промежуток вечернего времени. Среди его увлечений значились рыбалка, охота, книги, коллекционирование насекомых.
По его собственным словам, Сергей Пантелеевич – сторонник полной информационной изоляции: он не интересовался новостями, ничего не читал, не смотрел телевизор. Более того, он ни с кем не общался без острой необходимости, любил быть в компании исключительно с самим собой. О женщинах он имел своеобразное мнение: сравнивал их с жалящими осами и считал «недееспособными».